现在使用的巴氏杀菌机杀菌程序种类是非常多的。“低温长时间”处理是一个间歇过程，目前只被小型乳品厂用来生产一些奶酪制品。“高温短时间”处理则是一个“流动”过程，一般都在板式热交换器中进行，因此，广泛用于牛奶生产。但是这方式所生产的产品并不是无菌的，仍然会含有微生物，在储存以及处理的过程中需要进行冷藏。“快速巴氏杀菌”主要适用于生产酸奶乳制品。通用的巴氏高温消毒法主要有两种：
    第一种：将牛奶加热到62~65℃并保持30分钟。这种方法可以杀死牛奶中各种生长型病菌，这种方法灭菌效率可以高达99.9%，然后，经过消毒之后，还会残留有部分嗜热菌及耐热性菌以及芽孢等，不过这些细菌多为乳酸菌，其对人体有益健康而无害处。
    第二种，则是将牛奶加热到75~90℃，保温15~16秒，这种方法杀菌时间更短，工作效率更高。但是杀菌的基本原则是能将病原菌杀死就可以，温度太高反而会造成较多的营养损失。